Từ năm 1883 đến năm 1885, vì gặp một giai đoạn éo le của lịch sử triều Nguyễn, vua Ðồng Khánh chờ đợi mãi vẫn chưa được lên nối ngôi cha nuôi là vua Tự Ðức. Ông nhờ mẹ là bà Kiên Thái Vương lên đền Ngọc Trản cầu đảo và hỏi Thánh Mẫu Thiên Y A Na xem mình có làm vua được không. Mẫu cho biết ông sẽ toại nguyện.

Bởi vậy, sau khi tức vị, năm 1886, vua Ðồng Khánh liền cho xây lại đền này một cách khang trang, làm thêm nhiều đồ tự khí để thờ, và đổi tên ngôi đền là Huệ Nam Ðiện để tỏ lòng biết ơn Thánh Mẫu. Huệ Nam nghĩa là ban ân huệ cho nước Nam, vua Nam. Có một điều kỳ lạ, chính vua Ðồng Khánh đưa cuộc lễ hằng năm tại đây vào hàng quốc lễ và tự nhận mình là đồ đệ của Thánh Mẫu, mặc dù nhà vua chỉ gọi thánh mẫu bằng "Chị". Theo nguyên tắc xưa, ông vua nào cũng đứng trên các thánh thần trong cả nước, nhưng ở đây vua Ðồng Khánh lại hạ mình xuống làm "em" của Mẫu. Hiện nay trong đền vẫn còn thờ vài bức tranh ảnh của chính nhà vua được treo ở đây.